Ο Ηλίας Μαρκολέφας γεννήθηκε στην Αθήνα. Είναι απόφοιτος του Τμήματος Ηλεκτρολόγων Μηχανικών του ΕΜΠ. Συμμετείχε στις δραστηριότητες του προγράμματος για την Ιστορία και τη Φιλοσοφία των Επιστημών του ΕΜΠ. Σπούδασε φιλοσοφία σε μεταπτυχιακό επίπεδο στο Πανεπιστήμιο Pennsylvania.