Ο Ιωάννης Θ. Νικολόπουλος σπούδασε θεολογία στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης και πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στο ίδιο πανεπιστήμιο καθώς και στη θεολογική σχολή του Τιμίου Σταυρού (Holy Cross) της Βοστώνης (ΗΠΑ).