Η Γαρυφαλλιά Βαφειάδου διδάσκει στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα στη Λογική και Θεωρία Αλγορίθμων (ΜΠΛΑ), στο Τμήμα Μαθηματικών του Πανεπιστημίου Αθηνών.