Η Ελένη Καλλιτσουνάκη έχει μεταπτυχιακό δίπλωμα ειδίκευσης στην πολιτική επιστήμη, είναι υποψήφια διδάκτωρ στο Πανεπιστήμιο Κρήτης (Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης) και επιστημονική συνεργάτης της VPRC.