Ο Στέλιος Κώτσιος διδάσκει στο Οικονομικό Τμήμα στο Πανεπιστήμιο Αθηνών. Ταυτόχρονα εργάζεται στο Ανοικτό Πανεπιστήμιο στο Τμήμα Πληροφορικής.
