Η Ελένη Καλυβιανάκη διδάσκει στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα στη Λογική και Θεωρία Αλγορίθμων και Υπολογισμού (ΜΠΛΑ) του Πανεπιστημίου Αθηνών, του οποίου είναι και ή ίδια απόφοιτη (2000).